Kami menyedikan berbagai pilihan program pendidikan yang dapat menunjang keberhasilan peserta didik selama menempuh pendidikan di MTsN 6 Malang dengan harapan setiap siswa dapat memilih program pendidikan yang sesuai dengan bakat dan minat. Program pendidikan tersebut diantara adalah :
- Kelas olimpiade
- Kelas agama
- Kelas reguler
